La visite s'effectue en trois parties successives dénommées "Prouesses et limites de la résistance humaine", "Descente vers les profondeurs" et les "Territoires de la recherche". Le 1er espace est consacré à l'explication des différentes techniques de plongée, en apnée ou avec respiration assistée, et de travail en grande profondeur (au-delà des limites humaines). La 2ème séquence explicite les différents domaines sous-marins avec leurs spécificités, des espèces qui les peuplent jusqu'aux conditions environnementales (température, lumière, …). Plus en aval sur le chemin en spirale bordant l'aquarium central, les phénomènes sismologiques et volcaniques sous-marins ou encore la tectonique des plaques sont expliqués. Dans la 3ème séquence, La Cité de la Mer propose au public un contenu scientifique plus poussé avec les enjeux actuels et futurs de la conquête et de la maîtrise des océans.
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