En s’inspirant notamment de l’histoire maritime de Cherbourg, La Cité de la Mer a pour but d'expliquer et de relater d'une manière pédagogique l’aventure de l'homme sous la mer, les traditions de la construction sous-marine et l’épopée scientifique de l’exploration subaquatique. La Cité de la mer justifie sa passion par la phrase suivante: "l'Homme en sait moins sur les profondeurs des océans que sur la Lune". Deux évenements majeurs ont contribué à la création de La Cité de la Mer: le désarmement du sous-marin Le Redoutable et la nécessité de sauver l’ancienne Gare Maritime Transatlantique, bâtiment historique unique en Europe.